Durante a década de 1660, Lilly continuou a publicar o seu almanaque anual, mas foi prejudicado pela censura, que tinha sido abolida durante a vigência de Cromwell e que voltou a ser imposta.  A 27 de Junho de 1665 deixou Londres para escapar à Grande Peste e instalou-se em Hersham, onde foi nomeado fabriqueiro da igreja paroquial de Walton-upon-thames.  A 25 de Outubro de 1666 foi chamado a apresentar-se perante uma comissão que investigava as causas do Grande Fogo de Londres, por ele predito em 1652, na forma de um desenho em código.  Mais uma vez, com a ajuda de Ashmole conseguiu convencer a comissão de que a sua predição não era precisa e que nada sabia sobre a causa do fogo.

Passada esta fase, Lilly ficou a viver tranquilamente em Hersham, onde se devotou ao estudo da medicina, sendo-lhe conferida uma autorização para a sua prática em 1670.  Tratava gratuitamente os pobres e cobrava um shilling aos mais abastados pelos seus remédios.

A amizade que o ligava a Ashmole e que se tinha iniciado quando este conheceu Lilly pela primeira vez em 1646, foi aprofundada pela admiração que Ashmole sentiu quando o viu defender George Wharton em 1650.  O interesse de Ashmole pela magia, alquimia e astrologia fazia-o envolver-se e criar laços de amizade com muitos astrólogos, independentemente das suas tendências políticas.  Em 1672 os dois recuperaram alguns manuscritos da autoria do lendário místico Doutor Dee, contemporâneo da rainha Elizabeth I.  Estes, juntamente com a biblioteca pessoal de Lilly e outros textos astrológicos e místicos foram preservados na Colecção Ashmolean, em Oxford, de onde se extraíram as cópias de que os textos que agora se apresentam são a tradução.

Esta época, de particular interesse para o estudante português pelas referências constantes e muito vívidas quanto às actividades da Companhia Holandesa das Índias Ocidentais e Orientais, requer algumas informações sobre estas mesmas organizações. 

A Companhia das Índias Orientais foi criada em 1602, quando os Estados Gerais dos Países Baixos lhe concederam o monopólio das actividades coloniais na Ásia.  Foi a primeira companhia multinacional do mundo e a primeira companhia a emitir acções.  Os métodos que usava para manter o monopólio incluíam a repressão violenta da população nativa, a extorsão e o assassinato em massa.  Em 1669, era considerada a companhia privada mais rica que o mundo jamais viu, com mais de 150 navios de mercadorias, 40 navios de guerra, 50.000 empregados e um exército privado de 10.000 soldados, pagando 40% em dividendos.  A Companhia estabeleceu o seu quartel general em Batávia na ilha de Java (a actual Jakarta na Indonésia) criando outros postos coloniais nas Molucas onde mantinha à força o monopólio da noz moscada e outras especiarias.  Das minas espanholas do Peru vinha a prata que, juntamente com o cobre do Japão, era trocada pelos têxteis e porcelanas da Índia e da China.  O único posto em que se mantinha uma paz relativa era Dejima, uma ilha artificial ao largo da costa de Nagasaki que foi, durante muito tempo, o único lugar em que os europeus podiam negociar com o Japão.  Em 1652 foi estabelecido o posto do Cabo da Boa Esperança (a actual cidade do Cabo) para abastecimento dos navios de passagem para o Oriente, existindo outros na Pérsia, Bengala, Ceilão, Malaca, Sião, Cantão, Formosa e Índia Meridional.

A Companhia das Índias Ocidentais foi criada em 1621, com o propósito de eliminar a competição dos espanhóis e portugueses, sendo-lhe dado o monopólio do comércio no Ocidente e jurisdição sobre o comércio de escravos, sobre o Brasil, as Caraíbas e a América do Norte.  Só não tinha autorização para levar a cabo operações militares sem a aprovação do governo holandês, actividade a que se dava livremente a Companhia das Índias Orientais.  Estabeleceram-se na Nova Amsterdam (a actual Nova York), Connecticut, Delaware e Nova Jersey, assim como nas Antilhas Holandesas, Suriname e Guianas.    Em 1630 apoderaram-se das possessões portuguesas no Brasil e foi formada a colónia da Nova Holanda com a capital em Mauritsstad (o actual Recife).  Em África estabeleceram-se no actual Ghana e brevemente em Angola.  Mas o seu sucesso decaiu rapidamente e, em 1654, o Brasil voltou às mãos dos portugueses depois de uma longa guerra da qual participou activamente o nosso Padre António Vieira, cujas trabalhosas embaixadas junto das autoridades dos Países Baixos e do Cardeal Mazarino, na promoção da libertação das nossas colónias brasileiras são sobejamente conhecidas.

Eram estas as Companhias tão mencionadas por Lilly nos seus Merlini Anglici, cujas actividades corsárias tantas dores de cabeça davam aos governantes e aos mercadores ingleses, e cuja vassalagem era prestada exclusivamente aos seus administradores, conhecidos pelos Heeren XVII (os Dezassete Senhores).  Lilly e Gadbury, nesta e em diversas outras obras, referem-se-lhes chamando-lhes Hogens.

Curiosas são também as referências às tentativas de invasão do nosso território nacional perpetradas pelos espanhóis, apesar das quais, nas palavras de Lilly “Portugal, surpreendentemente, subsiste...”, e o facto do rei de Inglaterra da época, Carlos II, ser casado com a nossa princesa D. Catarina, filha do duque de Bragança e rei de Portugal, D. João IV, a introdutora da tradição do chá em Inglaterra e em honra de quem se deu o nome de Queens ao famoso bairro de New York.

Após a morte de Carlos II, que não deixou herdeiros legítimos, sucedeu-lhe o seu irmão por um período brevíssimo e, logo depois, o parlamento inglês deu as boas vindas ao odiado holandês, Guilherme de Orange, como rei de Inglaterra.